宝可梦水晶版中玩家要成为一位神奇宝贝训练师到各地冒险。先从博士手中获取初始神奇宝贝,有菊草叶、火球鼠、小锯鳄可供挑选,过程中以神奇宝贝为重心,透过战斗不断提升自己的等级与能力,其中当然少不了收服宝贝这个过程。游戏新增了雷公、炎帝和水君这三种传说中的宝可梦,喜欢宝可梦的玩家们赶快进入游戏展开冒险之旅吧!
旅途中要带领主角前往道馆,透过对战取得八枚徽章获取和四天王挑战的资格,当击败四天王和冠军后,玩家可以到「红·绿」版的舞台进行冒险,击倒关都地区的道馆后,玩家可以进入白银山,与小智展开游戏中最艰难的一场对决。而游戏最大的乐趣是收集、捕捉各种各样可爱的宝可梦,完成神奇宝贝图鑒。玩家们快进入游戏成为名副其实的神奇宝贝大师吧!
游戏操作:以键盘方向键 ↑↓←→ 控制移动,Z 键确认,X 键否定,空白键骑脚踏车(要先获取),Enter 键功能选单,D 键左边 Alt,X 键左边 Alt。