宝可梦水晶版中玩家要成为一位神奇宝贝训练师到各地冒险。先从博士手中获取初始神奇宝贝，有菊草叶、火球鼠、小锯鳄可供挑选，过程中以神奇宝贝为重心，透过战斗不断提升自己的等级与能力，其中当然少不了收服宝贝这个过程。游戏新增了雷公、炎帝和水君这三种传说中的宝可梦，喜欢宝可梦的玩家们赶快进入游戏展开冒险之旅吧！

旅途中要带领主角前往道馆，透过对战取得八枚徽章获取和四天王挑战的资格，当击败四天王和冠军后，玩家可以到「红·绿」版的舞台进行冒险，击倒关都地区的道馆后，玩家可以进入白银山，与小智展开游戏中最艰难的一场对决。而游戏最大的乐趣是收集、捕捉各种各样可爱的宝可梦，完成神奇宝贝图鑒。玩家们快进入游戏成为名副其实的神奇宝贝大师吧！

游戏操作：以键盘方向键 ↑↓←→ 控制移动，Z 键确认，X 键否定，空白键骑脚踏车(要先获取)，Enter 键功能选单，D 键左边 Alt，X 键左边 Alt。