神奇宝贝红宝石包含了九座城市、六座城镇和许多景点，它们之间以道路互相连接，和以往的作品一样，有些地区需要玩家达成某些剧情后才能进入。游戏介面和以往作品差别不大，都是以鸟瞰的视角操作主角进行游戏，游戏的主要目的是打败四大天王并完成神奇宝贝图鉴，玩家也需要击败想要控制全地区的邪恶组织。

游戏中的「特性」与「个性」也是本作引入的重要元素，特性会对战斗产生影响，可能是提升己方的能力、弱化敌方的能力或改变天气等其他要素，发动时机也有所不同。「仪态」是另一项本作新增的元素，在华丽大赛中扮演重要角色，华丽大赛是游戏中的小游戏，神奇宝贝会在其中使用某些招式并由评审评分，每只神奇宝贝与每个招式都具有仪态，神奇宝贝的仪态可透过使用「方块糖」来提升。

游戏操作：以键盘方向键 ↑↓←→ 控制移动，Z 键确认，X 键否定，空白键骑脚踏车(要先获取)，Enter 键功能选单，D 键左边 Alt，X 键左边 Alt。

储存方式：
1. 先把滑鼠游标移到游戏画面
2. 点选向下的箭头标誌
3. 把游戏档存到随便一个你找的到的地方(建议存在桌面)
4. 之后你要玩的时候，只要把滑鼠游标移到游戏画面后点选向上箭头，再载入你之前存的游戏档案就行了(建议要随时存档比较放心)。