神奇宝贝经由黄版演化到现在的盖亚版，其中也增加了许多玩法、新角色与崭新的剧情。神奇宝贝世界中拥有丰富多样的历史，很久以前，一个繁荣的文明，他们创建了几个遗蹟，他们的神和监护人，相信他们消灭了一系列灾难性的地震，到现在已成为历史的遗迹。

由于红木教授必须继续研究历史遗迹，关心该地区的安全与成长，这次将需要两个男孩来执行任务，他寻求了新的神奇宝贝训练师来冒险，以帮助他努力挽救神奇宝贝世界，并开始的两位天才的神奇宝贝训练师的旅程。当然，其中的一个年轻人，就是你！你将揭开神秘事件和防止地球的再次面临灾难！

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