神奇宝贝蓝宝石包含了九座城市、六座城镇和许多景点，它们之间以道路互相连接，和以往的作品一样，有些地区需要玩家达成某些剧情后才能进入。游戏介面和以往作品差别不大，都是以鸟瞰的视角操作主角进行游戏，游戏的主要目的是打败四大天王并完成神奇宝贝图鉴，玩家也需要击败想要控制全地区的邪恶组织。
游戏中会根据真实时间调整游戏中的时间，并影响潮汐涨退、树果生长等活动。游戏开始时，主角可从小田卷博士处选择木守宫、火稚鸡或水跃鱼作为起始神奇宝贝，除了击败各道馆馆主主线的任务外，也有些非玩家角色给予玩家支线任务，通常是要求玩家收集某项物品或捕捉某只神奇宝贝，捕捉传说中的神奇宝贝也是游戏的另一项目标，游戏最重要的支线任务则为阻止反派角色岩浆团与海洋团的阴谋，这两个邪恶团体企图利用传说神奇宝贝的能力来改变丰缘地区的气候。
游戏操作：以键盘方向键 ↑↓←→ 控制移动，Z 键确认，X 键否定，空白键骑脚踏车(要先获取)，Enter 键功能选单，D 键左边 Alt，X 键左边 Alt。
储存方式：
1. 先把滑鼠游标移到游戏画面
2. 点选向下的箭头标誌
3. 把游戏档存到随便一个你找的到的地方(建议存在桌面)
4. 之后你要玩的时候，只要把滑鼠游标移到游戏画面后点选向上箭头，再载入你之前存的游戏档案就行了(建议要随时存档比较放心)。
